Pasar de Markdown a HTML no sería complicado. La dificultad está en la gestión de adjuntos (imágenes, enlaces a archivos…), que en eXe es complicada, pero hacer que se pueda incluir sólo texto no sería tan complicado.
Lo que no entiendo es qué ventaja tiene poder escribir en Markdown para generar un HTML sencillo, cuando se puede usar un editor WYSIWYG que también se podría configurar para permitir sólo determinadas etiquetas HTML. Tendría sentido para copiar contenidos de una Wiki de manera masiva, por ejemplo, pero incluso en ese caso se podría copiar igual el HTML.
Lo comento con otros usuarios y el equipo de desarrollo por si lo ven interesante.
Muchas gracias por la sugerencia.