El visor SCORM de Moodle no funciona del todo bien con paquetes SCORM multi-SCO como los que genera eXeLearning (es uno de los múltiples tipos de SCORM contemplados por el estándar). Por ejemplo, en este ticket de Moodle verás que el desarrollador encargado recomienda no utilizar la navegación de Moodle. Es un tema que lleva mucho tiempo funcionando regular y que no parece que sea una prioridad para Moodle.org (salvo que alguien financie los desarrollos necesarios). Por ejemplo, en este otro ticket, verás que se ha mejorado un aspecto del visor de Moodle gracias a que una organización noruega ha financiado la resolución del problema. Conclusión: el software libre no es el maná que cae del cielo.
Mientras no esté resuelto ese tema en Moodle, mi recomendación es que publiques en Moodle en formato HTML. La navegación irá perfecta.
Respecto a eXeLearning, en las prioridades de desarrollo no está la exportación en formato SCORM 1.2 single-sco (ese tipo sí se ve bien en Moodle) pero si alguna institución está dispuesta a colaborar, este es un proyecto de software libre y por lo tanto abierto a la participación de quien quiera ayudar.