Hola:
Me temo que no hay manera rápida de solucionarlo. Habría que hacer cambios en el código de la aplicación. Abro petición, pero no sé si se llegará a hacer antes de la próxima versión. De momento, lo único que puedes hacer es reducir el tamaño de los vídeos o trabajar con vídeos pequeños, exportar y, una vez exportado el proyecto, sustituir los vídeos pequeños por los originales.
Eso sí: si optas por la segunda opción, tendrás que incluir en el elp vídeos diferentes. Si subes siempre el mismo vídeo, aunque tenga diferente nombre, se exportará un único archivo, porque eXe comprueba si se trata del mismo fichero con diferente nombre para evitar que el elp pese más de lo necesario.