Mejora impresión página web única

Con CSS puedes mejorar la presentación, pero te resultará difícil controlar todos los casos, salvo que crees el contenido teniendo en cuenta el espacio que ocupa cada iDevice (para que los contenidos no se corten, etc.).
Podrías crear el número de página con JavaScript, por ejemplo, o (más sencillo), usar la opción “contadores a pie de página” que tiene eXe en la pestaña Propiedades – Exportar (en modo avanzado).
Ese sería el enfoque de navegador. Si creas el contenido con eso en mente puede funcionar bien.

Otra solución, que se ha valorado, pero que nunca se ha llegado a hacer porque es costosa y hay otras prioridades, sería hacer una exportación a PDF (u otro formato similar) que gestione adecuadamente todos los casos. Eso ya es más complicado, y habría que hacerlo en la parte de servidor.