No soy experto en este asunto, pero entiendo que la asignación no depende de la herramienta con la que lo hayas hecho, sino de la propia publicación. Es decir: si tienes una revista digital con ISSN, puedes crear su contenido con eXeLearning o con cualquier otra aplicación. El formato, siempre que sea adecuado para la publicación web, tampoco es un problema: podrías publicar con ISSN (si lo tienes) en una plataforma que soporte SCORM o IMS, exportar un sitio web o publicar con ePub con el ISBN que tenga.
Por la parte de eXe no hay problema. No se vulneran para nada las condiciones de utilización de la herramienta, con la que se pueden crear recursos de todo tipo, tanto abiertos como cerrados. Eso sí: habrá que respetar las condiciones del estilo utilizado, las imágenes…