Prueba a añadir el atributo download al enlace (edita el código HTML para hacerlo o usa la opción Editar – Atributos). Igual con eso se soluciona. Si no, el enlace tendrá el comportamiento que tenga el tipo de fichero en el navegador (no depende de eXe), y su visualización en él dependerá también del servidor (si en ese servidor los PDF no se sirvieran como PDF, por ejemplo, podrían no verse bien aunque otros PDF de otros sitios se vean bien).
Si no te funciona, pásanos un elp de ejemplo (uno sencillo) y dinos qué navegador y sistema operativo usas. También necesitamos saber si el problema se produce dentro de eXe o una vez exportado el contenido, y si lo abres en local (abres el fichero HTML directamente desde tu disco duro) o desde un servidor (una dirección web).