Hola.
eXe ya tiene jQuery. Puedes insertar código JavaScript en Propiedades – Pie de página o en el fichero JS de tu Estilo.
También puedes usar el archivo config.xml de tu Estilo para añadir el HTML que necesites (etiquetas SCRIPT o LINK para incluir CSS o JS de Bootstrap, por ejemplo). Usa la etiqueta extra-head del fichero config.xml.
Podrás usar Bootstrap en el HTML creado por ti (el que insertes desde el editor), pero no en el que genera eXe (menú, etc.), salvo que modifiques ese HTML mediante JavaScript para añadir las clases necesarias.
La próxima versión permitirá incluir código en HEAD desde la pestaña Propiedades. De momento, desde eXe sólo puedes incluir contenido en BODY.
Espero que te sirva.