Para Moodle, la recomendación es publicar como SCORM 1.2 (también sirve IMS) o como sitio web. En el manual de eXeLearning disponible en https://exelearning.net/ayuda/ hay un apartado de publicación que explica cómo hacerlo.
Al importar capítulo se importan los contenidos, pero no otros ficheros (Moodle establece qué se importa, y se excluyen ficheros imprescindibles, como common.js). Además, al importar así, el contenido pasa a formar parte de la misma página, y puede haber conflictos entre archivos de Moodle y archivos de eXe (puede haber problemas de presentación).
Resumiendo: esa opción puede servir para un contenido sencillo (texto, imágenes…), pero no para un contenido enriquecido (acordeones, etc.) como el que está generando con eXe. Para eso, mejor las opciones recogidas en el manual.
Espero que le sirva.