Hola.
eXeLearning, de momento, no genera contenidos estructurados en carpetas (si exportas un contenido, verás que todos los ficheros están en la misma carpeta). Dentro de un tiempo sí permitirá esas estructuras.
Si tu contenido necesita carpetas, puedes crear una página con un IFRAME que muestre el fichero “miCarpeta/index.html”.
Luego exportas (como sitio web o como sea), y en el exportado, pegas la carpeta “miCarpeta”, donde estará tu actividad (que debería contener un fichero llamado “index.html”).
Espero que te sirva.
Si Educaplay genera contenidos que tienen todos los archivos en la misma carpeta, tal vez te sirva la solución que explica Raúl Luna para la inserción de Hot Potatoes como iframe.
Saludos.