Hola Pablo:
en editar/insertar hipervínculo, pestaña “ventana emergente” quita de la url resources/ y qué date con sólo Pacman_agua.swf
Date cuenta que: <div><span style=”font-size: large;”>¿Preparado? ¿Listo?<a onclick=”window.open(‘Pacman_agua.swf’,”,’width=400,height=300,left=’+(screen.availWidth/2-200)+’,top=’+(screen.availHeight/2-150)+”);return false;” href=”Pacman_agua.swf“> ¡Empezamos ya!</a></span></div>
el href se lo estás haciendo al archivo que has cargado en la pestaña anterior que si bien apunta a la carpeta resources, es una carpeta temporal para la previsualización del recurso desde exe pero que no se conserva en los exportados.
Saludos y dinos si te funciona 😉