Hola:
La única exportación que incluye menú propio y botones de navegación es “Sitio web”. En el caso de SCORM e IMS, es el LMS (Moodle o el que uses) el que pinta el menú y los botones de navegación, leyendo la estructura del proyecto de uno de los ficheros incluidos en el zip (un XML).
Moodle permite SCORM de varias páginas, pero algunos LMS no. Tal vez sea ese el problema: no hay menú porque el LMS espera un SCORM de una sola página. Si es así, puedes intentar publicar la exportación como sitio web, pero no podrás recuperar todas las calificaciones. Te recomiendo leer el apartado “Exportación y publicación” del manual (está en el apartado Ayuda de esta web).
Espero que te sirva.