Hola Pablo:
Las exportaciones a ePub3 (ojo, ePub3 y no sólo ePub) necesitan que tu visualizador sea compatible con este formato.
Los visualizadores que mejor lo soportan en estos momentos son:
ibook (apple)
Gitden reader (apple y android)
Readium (complemento para chrome)
Según se indica en el manual. https://exelearning.net/html_manual/exe20/epub_3.html
En el caso de que utilices alguno de estos tres y no se vea el índice de tu contenido, deberíamos verlo ya que pudiera ser un error. Tendrías que hacernos llegar una muestra con el problema… (utiliza eXeLearning 2.0.1)
Saludos