Lo que pasa es que lo que hagas desde CSS/”Pie de página” afecta a todas las páginas, mientras que lo que se hace desde TinyMCE sólo afecta a la página en la que tienes el editor.
Yo creo que lo mejor es hacerlo desde “Pie de página” y modificando la plantilla.
Otra opción, para evitar esos problemas que comenta Antonio, es introducir estilos en línea en el campo “Pie de página”:
<div style=”color:red”>Pie de página</div>
En lugar de:
<div id=”miPie”>Pie de página</div> en el campo “Pie de página”.
y
#miPie{color:red;}
en content.css
Si se hace ordenadamente, mantener actualizada una plantilla, sabiendo algo de CSS, es sencillo. Lo mejor en este caso: tener tu propia plantilla, y así no se pisa nada al reinstalar/actualizar eXe.