El que se encarga de la navegación (de pintar el menú de la izquierda) es el LMS, no el SCORM generado por eXe.
Descomprime el zip del SCORM y abre con un navegador cualquier archivo HTML. Eso es lo que genera eXe. Si hay problemas ahí, sí que podemos solucionarlos. Si no están ahí, habría que solucionarlos en el LMS, haciendo un Tema (skin, theme, estilo…) con diseño adaptable al dispositivo (responsive design).
Si quieres evitar que los elementos del SCORM se superpongan puedes establecer un ancho mínimo para el DIV con el identificador “outer”. Añade esto en el archivo content.css, sustituyendo 800 por el número que quieras:
#outer{min-width:800px}
Saludos.