Hola Laura
Para responderte, me gustaría hacerlo por partes:
1.- Recuerda que GeoGebra 3D es una versión beta, por lo que todo lo que puedes hacer es a modo de pruebas.
2.- Para insertar el applet creado con GeoGebra 3D y utilizarlo de forma offline, debes descargarte los archivos que se encuentran en la siguiente dirección http://www.geogebra.org/webstart/5.0//unpacked/ que son los archivos java 8*.jar) que utilizará eXe.
3.- El applet que te genera GeoGebra lo debes pasar a html. Pero el archivo que te genera, no funciona aún.
4.- Para generar el archivo adecuado, puedes basarte en el siguiente archivo que he creado y te enlazo.
5.- En ese archivo, borra el código que aparece después de param name=”ggbBase64″ value=” y coloca el código que te ha generado GeoGebra en tu archivo html.
6.- Hasta aquí, ya tienes conseguido el archivo html que se visualiza.
7.- Ahora, solamente tienes que pegar desde <applet> hasta </applet> los dos incluidos, y los pegas como código en el idevice de eXe correspondiente, subiendo todos y cada uno de los archivos que te habías descargado en el paso 2….
8.- Todo listo, ya tenemos GeoGebra 3D en nuestro eXe.
9.- Como te dije, es una versión beta, por lo que, cada vez que salga una versión nueva, te deberás descargar los archivos de la dirección anterior.
Un saludo y espero que te sirva.